법무부 검찰과거사위원회(위원회)가 17일 지난 2008년 당시 정연주 KBS 사장을 배임 혐의로 무리하게 기소했다고 판단했다. 위원회는 검찰총장이 정 전 사장에게 사과하고 검찰권 남용을 통제할 수단을 마련하라고 권고했다.

'KBS 정연주 배임 사건'은 KBS가 과세관청과의 소송에서 1심에서 승소하고도 2심에서 법원의 조정을 통해 1심 승소금액보다 불리하게 합의했다는 이유로 검찰이 정 전 사장을 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)혐의로 기소한 사건이다. 정 전 사장은 대법원에서 최종적 무죄가 확정됐다.

KBS는 199년부터 2004년까지 국세청에 총 17건의 부가가치세감액경정청구거부처분취소소송과 법인세부과처분취소소송을 제기했다. 2003년 정 전 사장이 취임한 후 KBS는 1심에서 승소해 2,448억원을 환급받을 수 있었다. 하지만 KBS는 2005년 국세청과 협의한 뒤 법원 조정권고안을 받아들여 556억원만 받고 2006년 항소심 소를 취하했다.

이에 전 KBS 소송담당 직원 조모씨는 정 전 사장이 KBS에 1,892억원의 손해를 입혔다며 2008년 5월 정 전 사장을 고발했다. 감사원도 그해 6월 특별감사에 착수했고, 검찰은 8월 정 전 사장을 배임 혐의로 불구속 기소했다.

하지만 2012년 대법원은 정 전 사장에 대해 무죄를 최종 확정했다.

위원회는 "공소권 행사는 유죄판결에 대한 가능성이 있는 경우에 이루어져야 한다"며 "사건 당시 검찰총장, 서울중앙지검 검사장, 1차장검사, 조사부장의 진술 등을 종합하면 이 사건 공소제기 결정에 관여한 검사들 모두 이 사건 배임죄의 혐의 인정에 한계가 있다는 점을 인식하고 있었다"고 판단했다.

이어 "이번 사건 공소는 유죄판결의 가능성이 없음에도 제기됐다"며 "적법한 공소권 행사의 범위를 일탈한 공소제기이고, 검사에게 현저한 주의의무 위반의 과오가 있다"고 했다.

다만 정 전 사장에 대한 조사와 수사가 고발에 의해 이뤄졌지만, 그 고발이 정부의 기획·조종에 의해 제기됐다는 의폭에 대해서는 "의혹을 뒷받침할 진술이나 자료를 발견하지 못했다. 진위 여부는 판단할 수 없다"고 했다. 수사과정과 기소 경위에 부당한 외압이 있었다는 의혹에 대해서도 '진위 여부 판단 불능'으로 결론 내렸다.

위원회는 검사의 잘못된 기소로 손해를 입은 정 전 사장에게 검찰총장의 사과와 검사의 위법·부당한 공소제기에 대한 통제방안을 마련할 것을 권고했다.

위원회는 검사의 권한남용을 통제할 방법으로 최근 논의되고 있는 법왜곡죄의 도입 검토도 권고했다. 법왜곡죄는 판사, 검사, 중재인 등이 법률사건을 처리하거나 재판하면서 당사자 일방에게 유리하거나 불리하게 법을 왜곡한 경우를 말한다.

아울러 검찰의 정치적 중립성 보장을 위해 법무부장관의 구체적 사건에 관한 검찰총장 지휘·감독권 제도의 개선책 마련도 권고했다.