국민권익위원회가 법정협의체, 총장협의체 등 주요 협의체 외에 연회비의 적립을 중단하고, 임의협의체에 대한 지도·점검 강화, 임의협의체 임원 등에 대한 겸직허가 관리 등을 담은 제도개선안을 마련해 교육부 등에 권고했다.

대학은 상호 협조를 통한 고등교육 발전을 위해 법률에 근거해 한국대학교육협의회, 한국전문대학교육협의회 등 각 학교의 대표자로 구성하는 협의체를 구성·운영할 수 있다.

그러나 최근 법률에 근거가 없는 임의협의체의 설립이 증가하고 있으며 학생 등록금으로 회비를 납부해 운영하고 있음에도 이에 대한 체계적인 관리가 이뤄지지 않고 있다.

일부 대학은 교직원이 임의협의체의 임원, 간사 등을 역임하면서 수당을 받고 있음에도 겸직허가 관리를 하지 않고 있었다.

또한, 업무상 협의를 목적으로 교육부 등 관계자가 협의체 회의에 참가하고 한국대학교육협의회 등은 협의체에 예산을 지원했음에도 대학 간 자율모임이라는 이유로 장기간 외부감사를 받지 않은 채 방치돼 있었다.

국민권익위는 대학이 법정협의체, 총장·처장협의체 외에 연회비를 적립하지 않도록 하고, 연회비 집행내역 등 임의협의체에 대한 지도·점검을 강화하도록 교육부, 한국대학교육협의회 등에 권고했다.

이외에도 대학이 임의협의체 임원 등을 겸직허가 대상으로 관리하고, 겸직실태조사를 정기적으로 실시하도록 했다. 이에 교육부 등은 국민권익위의 권고에 따라 내년 2월까지 국립대학 예산편성 지침을 개정하는 등 제도개선을 추진하기로 했다.