이혼 사유는 사이언톨로지 종교 때문으로 톰 크루즈가 딸 수리를 사이언톨로지 학교에 입학 시키려고 했지만 케이티 홈즈는 이를 반대하고있다. 원래 카톨릭 신자였던 케이티 홈즈는 결혼 당시 톰 크루즈의 요구에 따라 사이언톨로지로 종교를 바꿨지만 진심으로 믿지는 않았던 것.
현재 케이티 홈즈는 단독 양육권을 요구하고 있는 상태라고 한다.
사이언톨로지는 1954년 로날드 허바드가 창시한 종교로 신을 거부하고 과학기술을 통한 정신치료와 윤회를 믿고 있는 종교이다.